Проектирование Игналинской АЭС началось до 1974 года, а в 1974 году приступили к подготовительным работам для строительства ИАЭС. Первый энергоблок был запущен в 1984 году и проработал до 2004 года. Он был выведен из эксплуатации после вступления Литвы в ЕС. Второй энергоблок был запущен в 1987 году. Тепловая мощность одного блока ИАЭС 4800 МВт, электрическая мощность - 1500 МВт. До окончания 2009 года реактор второго энергоблока должен быть заглушен, а станция закрыта.

В соответствии с нормами МАГАТЭ, должны проводиться исследования сейсмотектонического режима в радиусе 200 км от площадок строительства АЭС. Поэтому, из ведущих специалистов России, Белоруссии и Прибалтики (всего 21 человек) была сформирована рабочая группа, которая в 1988 году провела соответсвующее обследование и подготовила экспертное заключение рабочей группы по оценке сейсмических условий в районе Игналинской АЭС. Председателем и зам. председателя рабочей группы были Штейнберг В.В. и Бунэ В.И. В составе рабочей группы были представители Прибалтики: Бендорайтис Э.Ю. - генеральный директор ПО "Литвагеология", Брангулис А.П. - заместитель генерального директора института Морской геологии Миннефтепрома СССР, Сильдвээ Х.Х. - заведующий сектором института геологии АН ЭССР, Сувейздис П.И. - старший научный сотрудник НИИГРИ АН Литовской ССР.

По заключению рабочей группы, грунты на площадке ИАЭС были отнесены к III категории, максимально-рассчетное землетрясение оценено в 7 баллов, а проектное землетрясение - в 6 баллов по шкале MSK-64. Отмечено, что выводы рабочей группы основываются на недостаточном количестве материалов. Это связано с отсутствием в то время высокочувствительной сети сейсмических станций в северной Белоруссии и Прибалтике, отсутствием работ по детальному сейсмическому районированию и незавершенностью работ по сейсмическому микрорайонированию. Поэтому, рабочая группа рекомендовала проведение исследований в полном объеме в соответствии с требованиями норм проектирования АЭС для уточнения сделанных оценок.

В 1999 году вокруг Игналинской АЭС была создана система сейсмического мониторинга и предупреждения о сейсмической опасности. Первоначально, по проекту, система должна была состоять из 6 периферийных сейсмических станций и центральной станции на самом реакторе. Кроме 4 периферийных сейсмических станций на территории Литвы, было запроектировано по 1 сейсмической станции на прилегающей территории в Белоруссии и в Латвии. В Латвии сейсмическую станцию предполагалось разместить в Даугавпилском районе, вблизи от Скрудалиены. Были разработаны проекты строительства этих станций и подготовлены комплекты соответствующей аппаратуры, которые предполагалось разместить на этих станциях.

21 декабря 1996 года руководство отдела международных проектов ИАЭС обратилось с письмом об условиях сотрудничества по созданию сейсмостанции в районе Скрудалиены. Были согласованы принципиальные вопросы эксплуатации сейсмической станции и использования информации, согласован и подготовлен проект межправительственного договора о строительстве в Скрудалиене станции сейсмического мониторинга и контроля.

Однако, станция в Скрудалиене так и не была построена, поскольку не нашлось средств на финансирование охраны объекта, энергоснабжения, аренды земли (площадь около 5.65 тыс. кв.м) и использования радиоканала. Сумма общих расходов должна была составлять около 7 тыс. Ls в год. Стоимость капитального строительства (около 80 тыс. Ls) и аппаратурного оснащения (около 28.5 тыс. Ls), превышающую 100 тыс. Ls, предполагалось покрыть за счет европейских средств, предназначенных на создание системы предупреждения о сейсмической опасности ИАЭС.
Станция на территории Белоруссии также не была создана.

Таким образом, в период с 1996 по 1999 год была упущена реальная возможность для Латвии участвовать в сейсмическом мониторинге важного, экологически-опасного объекта - Игналинской АЭС, расположенного в непосредственной близости от границы Латвии (8 км) и районного центра Даугавпилс (27 км). Участие же в мониторинге ИАЭС позволило бы не только получать сейсмологическую информацию непосредственно от проектируемой станции в Скрудалиене, но и иметь доступ к информации от других сейсмических станций всей локальной системы сейсмических наблюдений вокруг ИАЭС, для обнаружения, локализации гипоцентров региональных сейсмических событий и определения их параметров.

В 2003 году вопрос о создании сейсмической станции в Скрудалиене был поднят латвийской стороной. Хотя получить инструментальное оснащение для станции было еще возможно за счет ИАЭС, однако средств на строительство сейсмической станции в Скудалиене ИАЭС выделить уже не могла.

В настоящее время Игналинская система сейсмического контроля и сигнализации состоит из пяти станций - Didziasalio (IDID), Ignalinos (IIGN), Salako (ISAL), Zarasu (IZAR) и на самом реакторе - Ignalinos AE (INPP). Периферийные станции оснащены вертикальными сейсмометрами (до 2009 года только вертикальная компонента), расположенными в скважине, а INPP - трехкомпонентными акселерометрами.
Сейсмометрическая сеть позволяет осуществлять мониторинг региональных сейсмических событий. Акселерометры необходимы для записи сильных движений грунта. Записи сильных движений грунта (акселерограммы) позволяют определять реальные сейсмические нагрузки на площадке реактора во время сильных региональных землетрясений. 21 сентября 2004 года сейсмическими станциями ИАЭС были зарегистрированы Калининградские землетрясения.

Сейсмологический мониторинг на ИАЭС начался в конце 1999 года. Сама сеть сейсмических станций находится в собственности ИАЭС, которая осуществляет надзор, техническое обслуживание сети и накопление данных. Геологическая служба Литвы осуществляет обработку информации, формирование базы сейсмологических данных и оценку сейсмической активности.
В 2001 году станция ISAL - единственная станция Балтийского региона, которая зарегистрировала неидентифицированное, региональное сейсмическое событие.

Ведущим сейсмологом Литовской геологической службы A.Pacesa было определено эпицентральное расстояние от станции ISAL до эпицентра сейсмического события в 80 км. Магнитуда этого сейсмического события была оценена величиной 2.1.
Игналинской сетью был зарегистрирован ряд сильных региональных землетрясений в 2002 и 2004 годах с магнитудами 3.5 (18.12.2002) и 5.0 (21.09.2004).

Основной недостаток Игналинской сети сейсмического контроля и сигнализации заключается в незавершенности системы наблюдений, которая в соответствии с первоначальным проектом должна была состоять из 6 периферийных станций и одной станции на самом реакторе. В этом случае Игналинская АЭС была бы равномерно охвачена сейсмическими станциями. Однако, в действительности в восточном и северном секторах полигона отсутствуют две станции. Поэтому, если гипотетическое землетрясение возникнет на севере или востоке от ИАЭС, то сейсмическая сеть вряд ли сможет оперативно обеспечить распознавание землетрясения, локацию гипоцентра и предупреждение о подходе сейсмических волн к ИАЭС.

Неотектонические структуры района Игналинской АЭС, определенные по морфометрическим, морфоструктурным данным и по результатам интерпретации изображений космоснимков показывают, что большинство тектонических разломов проникающих в кристаллический фундамент и осадочный чехол, являются неотектонически-активными. Обычно неотектонически-активные зоны и линеаменты совпадают с линиями разломов или несколько смещены по отношению к ним. По мнению литовских геологов [Sliaupa, 1995] cистема разломов Друкшайского трога (линейной структурной депрессии), Анисимовичского грабена и Штирнского разлома рассматриваются как наиболее активные неотектонические зоны. Палеоврезы соединены с неотектонически-активными зонами. Их глубина иногда достигает 200 м (от дочетвертичной поверхности). Игналинская АЭС расположена на одной из неотектонически-активных зон, вдоль которой глубина палеовреза более чем 70 м.